「非推奨になるからやめろ」というより「もともと設計がよくなくてとても使いづらい」です。それに加えパフォーマンスも良くない(悪い？)です。オマケ程度になぜか標準ライブラリに存在していただけで、そもそも最初から使いづらいのであまり使われていません。
「もっとはやく非推奨になるべきだったのに、なぜ2.10でもまだ非推奨にならなかったのか(激おこぷんぷん丸)」とか色々あった(?)くらいです。
「標準ライブラリに入ってる」「他にどれ使えばいいかよくわからない」という理由で(?)未だに使おうとしてる人をたまに見かけますが、やめましょう、無駄な苦労するだけです。
代替は・・・良くも悪くも現状いくつか流行っていて、Scala界隈ではデファクトスタンダードが決まっていません。
PlayやLiftのように、使用してるwebフレームワークにそのままついてるなら、素直にそれ使うとか。そうでないならJson4sとかとりあえず無難でしょうか。*1一部の関数型ガチ勢からJson4s評判よくない場合もあるので、もしJson4s使ってみてそれでも満足できない、もしくはScalaz好きならargonaut試してみるのもいいと思います。
Javaに慣れてる人だったら
「Scala標準ライブラリのJSON使うくらいなら、Javaのライブラリそのまま使ったほうがまだいいのでは？」
というくらいに、本当に標準ライブラリのJSONはオススメできないので絶対にやめましょう。
*1:リフレクション使ってるなどのいくつかの理由により
