普段は割とデフォルトの設定で十分なのですが、Scala 3の開発かつ特に大きめのprojectの場合、設定を変えないと厳しい場合があるので、それの話を書きます。
versionは
2025.2.4 (Community Edition)
としますが、割と最近のversionならあまり変わらないと思います。
まず2025年11月現在、IntelliJのScala pluginは、昔に比べたらだいぶ改善していますが、Scala 2の完成度と比較すると、Scala 3は若干微妙な点があります。
そしてprojectの開き方によっていくつかあるのですが、ここでは以下で「sbt project」として開いた場合の話をします。

以下のSettingsの部分から

Scala => Editorの部分でScala 2と3それぞれで「Error highlighting」という項目があり、それぞれデフォルトで以下のように
となっていると思います
(自分が知らないだけでデフォルトの設定は実はどこかで設定可能かもしれない?)

横の "?" の部分クリックすると上記のように説明が表示されますが、大雑把にいうと
- Build-in: 速いが、たまに間違う
- Compiler: 遅いが、Build-inより正確
という違いがあります。これが、多少遅いくらいならいいのですが、ある程度の規模になると、致命的に遅くなって使い物にならなくなるレベル、という挙動になります。
他のメモリ設定か何かを頑張って調整すれば、巨大projectでも「Compiler」設定でも意外といけるのか?は未検証です。
しかし、Scala 3の場合「Compiler」の方がデフォルトになっている気がします・・・えぇ・・・つらい。
というわけで、遅かったら and/or ある程度の規模のprojectの場合は「Compiler」を「Build-in」に変更しましょう。
あと、現状直ってるのかまだ問題あるのか正確に検証出来てないのですが、単に遅いだけならともかく「Compiler」の設定にしておいた場合、IDEAが裏でsbtを立ち上げてcompileしてclassファイル吐き出す影響?なのか、何も工夫せずにIDEAとは別にsbtを立ち上げると、IDEAが裏でcompileしたものと独自に立ち上げたsbtが出力するものが競合して、無駄にcompileやり直しになったり、出力結果が変な不整合起こして変なエラーが起きたことがあります。
自分が知る限りは、この程度しかないというか、ひとまず現状でIDEAでScala 3をやっていく上で一番重要なのはこの点なのですが、他にも細かい情報知ってる人がいたら共有していきましょう。