以前のsbtでは発生しなかった、ということから、明らかにsbtのバグだろーと思ったら、結局Scala側が悪い?という結論になったようですが
https://issues.scala-lang.org/browse/SI-8486
そのバグ修正は、Scala 2.11.0のfinalには間に合わず、2.11.1 になるらしいです。
とりあえずバグの原因となったコミットのみをrevertしたversionが、sbt0.13.2-RC3としてリリースされました。
https://groups.google.com/d/msg/sbt-dev/adyQsDmlapQ/_RL46j6b_8QJ
(sbt 0.13.2-RC2はリリースミスしたらしい。リリースミスも自分が見つけた)
原因となるコミット自体は、インクリメンタルコンパイルの改善のために頑張る系だったので、sbt0.13.2では安全側に倒して単にrevertしたようですが、sbt0.13.5系では頑張ってScala自体のバグを避けつつその変更も入れるようです。
ところで、なんの説明もなくsbt0.13.5系と言いましたが、なんだかsbtのversionちょっとややこしいことになってます。詳しくはこれ
http://eed3si9n.com/ja/sbt-preview-auto-plugins
読んでください。